MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS6

Total Repeats: 249

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019436	AATA	2	8	1970	1977	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019436	TAT	2	6	2008	2013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019436	ATT	2	6	2164	2169	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019436	T	6	6	2168	2173	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019436	A	6	6	2181	2186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019436	T	6	6	2192	2197	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019436	A	6	6	2210	2215	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019436	T	6	6	2258	2263	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019436	TCA	2	6	2273	2278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_019436	ATTTT	2	10	4320	4329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019436	ATTTTT	2	12	4348	4359	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019436	GGT	2	6	4360	4365	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019436	A	7	7	4387	4393	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019436	AC	3	6	4449	4454	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_019436	T	7	7	4493	4499	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019436	ATT	2	6	4511	4516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019436	TTC	2	6	4520	4525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_019436	TCT	2	6	4560	4565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_019436	T	7	7	4584	4590	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019436	ATTT	2	8	4601	4608	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019436	TCAT	2	8	4685	4692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_019436	T	6	6	4728	4733	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019436	T	8	8	4751	4758	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019436	TTCT	2	8	4786	4793	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_019436	TCATTG	2	12	4795	4806	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_019436	T	6	6	4808	4813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019436	T	6	6	4852	4857	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019436	TAT	2	6	4923	4928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019436	A	6	6	4984	4989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019436	A	6	6	4991	4996	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019436	AT	3	6	5038	5043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019436	CCT	2	6	5065	5070	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_019436	TGA	2	6	5696	5701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019436	CT	4	8	5747	5754	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_019436	CT	3	6	6459	6464	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_019436	T	6	6	6468	6473	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019436	TTAT	2	8	7057	7064	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019436	TAA	2	6	8358	8363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019436	TAT	2	6	9147	9152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019436	ATA	2	6	9161	9166	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019436	TA	4	8	9165	9172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019436	A	6	6	9284	9289	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019436	CTTTT	2	10	9308	9317	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019436	T	6	6	9314	9319	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019436	TATT	2	8	9325	9332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019436	ATA	2	6	9335	9340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019436	AAG	2	6	10037	10042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019436	TTG	2	6	10113	10118	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019436	TA	4	8	10129	10136	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019436	TAAT	2	8	10153	10160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019436	TAAA	2	8	10161	10168	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019436	TAAGAT	2	12	11109	11120	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019436	TTAT	2	8	11135	11142	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019436	ATG	2	6	11184	11189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019436	T	8	8	12162	12169	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019436	TTA	2	6	12179	12184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019436	GA	3	6	12213	12218	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019436	GAA	2	6	12228	12233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019436	TTAT	2	8	13194	13201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019436	TAAA	3	12	13234	13245	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019436	TTTA	2	8	13249	13256	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019436	TGA	2	6	13258	13263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019436	CTT	2	6	13283	13288	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019436	TAT	2	6	13297	13302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019436	A	7	7	13313	13319	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019436	GATA	2	8	13339	13346	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019436	TA	3	6	13383	13388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019436	ATA	2	6	13446	13451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019436	GAT	2	6	13482	13487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019436	AGC	2	6	13514	13519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019436	TTGG	2	8	13522	13529	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019436	AGC	2	6	13612	13617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019436	ATT	2	6	13633	13638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019436	CAA	2	6	13664	13669	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019436	TCC	2	6	14667	14672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_019436	AAAT	2	8	14692	14699	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019436	TTG	2	6	14706	14711	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019436	AATA	2	8	14715	14722	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019436	TATG	2	8	14751	14758	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019436	CA	3	6	14782	14787	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_019436	TAT	2	6	14821	14826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019436	T	6	6	14854	14859	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019436	T	6	6	14867	14872	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019436	CT	3	6	14900	14905	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_019436	CTA	2	6	14920	14925	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019436	TCTT	2	8	14928	14935	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_019436	TAA	2	6	14956	14961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019436	TGT	2	6	14964	14969	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019436	A	7	7	15066	15072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019436	ATC	3	9	15074	15082	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_019436	A	6	6	15086	15091	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019436	TAA	2	6	15093	15098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019436	AAT	2	6	15101	15106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019436	CT	3	6	15148	15153	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_019436	CT	3	6	15858	15863	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_019436	T	6	6	15867	15872	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019436	T	6	6	15895	15900	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019436	T	6	6	16204	16209	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019436	A	7	7	16261	16267	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019436	T	6	6	16299	16304	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019436	GA	3	6	16320	16325	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019436	A	6	6	18028	18033	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019436	AAT	3	9	18894	18902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019436	CGATG	2	10	19113	19122	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_019436	T	6	6	19131	19136	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019436	CT	3	6	19145	19150	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_019436	GTT	2	6	19261	19266	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019436	TTTC	2	8	19286	19293	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_019436	AAT	2	6	19304	19309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019436	ATAA	2	8	19436	19443	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019436	T	7	7	19649	19655	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019436	AAGA	2	8	19672	19679	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019436	TCT	2	6	19692	19697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_019436	GTA	2	6	19823	19828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019436	AACT	2	8	21246	21253	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_019436	TAT	2	6	21254	21259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019436	T	6	6	21295	21300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019436	TCA	2	6	21312	21317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_019436	ATT	2	6	21321	21326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019436	CAA	2	6	21401	21406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_019436	TGC	2	6	21423	21428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_019436	CTT	2	6	21437	21442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019436	AACGTG	2	12	21471	21482	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_019436	CA	3	6	21519	21524	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_019436	TGA	2	6	21629	21634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019436	TCC	2	6	21664	21669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_019436	TAT	2	6	21731	21736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019436	CAT	2	6	21741	21746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_019436	ACC	2	6	21759	21764	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_019436	ACG	2	6	21950	21955	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019436	GAA	2	6	22049	22054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019436	T	6	6	22085	22090	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019436	TC	3	6	22111	22116	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_019436	CTG	2	6	22164	22169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_019436	CGT	2	6	22183	22188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_019436	CAG	2	6	22193	22198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_019436	T	6	6	22239	22244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019436	TTAGA	2	10	22856	22865	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019436	AAC	2	6	22874	22879	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_019436	TCT	2	6	22915	22920	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_019436	T	6	6	22920	22925	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019436	A	6	6	22985	22990	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019436	ATA	2	6	23029	23034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019436	CAT	2	6	23053	23058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_019436	T	6	6	23069	23074	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019436	CTT	2	6	23104	23109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_019436	ATC	2	6	23144	23149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_019436	ATC	2	6	23159	23164	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_019436	A	7	7	23264	23270	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019436	T	6	6	23355	23360	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019436	A	7	7	23396	23402	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019436	TCAA	2	8	23791	23798	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_019436	ACC	2	6	23810	23815	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_019436	GATTAT	2	12	23827	23838	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019436	ACT	2	6	23874	23879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_019436	TCC	2	6	23912	23917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_019436	CCT	2	6	23949	23954	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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161	NC_019436	A	6	6	24171	24176	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_019436	AG	3	6	24180	24185	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
163	NC_019436	A	6	6	24222	24227	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_019436	ATT	2	6	24234	24239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_019436	TAC	2	6	24326	24331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_019436	TAT	2	6	24369	24374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_019436	GAA	3	9	24380	24388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_019436	TA	3	6	24643	24648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_019436	ACG	2	6	24716	24721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_019436	AT	3	6	24789	24794	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_019436	GAA	2	6	24805	24810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_019436	AG	3	6	24890	24895	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
176	NC_019436	CAA	2	6	25083	25088	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_019436	TCA	2	6	25137	25142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_019436	CTTTT	2	10	25186	25195	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_019436	GCT	2	6	25205	25210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_019436	ACGCA	2	10	25218	25227	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
181	NC_019436	ATTAT	2	10	31189	31198	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_019436	ATA	2	6	31199	31204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_019436	TA	3	6	31206	31211	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_019436	TAT	2	6	31213	31218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_019436	TA	3	6	31221	31226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_019436	GAA	2	6	31232	31237	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
187	NC_019436	TCT	2	6	31259	31264	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_019436	T	7	7	31270	31276	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_019436	TTA	2	6	31299	31304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_019436	ATT	2	6	31346	31351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_019436	TTGAA	2	10	31365	31374	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
192	NC_019436	AATA	2	8	31396	31403	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_019436	A	6	6	32441	32446	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_019436	A	6	6	32469	32474	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_019436	AG	3	6	32478	32483	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
196	NC_019436	A	6	6	32520	32525	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_019436	ATT	2	6	32532	32537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_019436	TAC	2	6	32550	32555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_019436	TCC	2	6	33347	33352	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
200	NC_019436	TAT	2	6	33366	33371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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231	NC_019436	AG	3	6	38311	38316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
232	NC_019436	TCAAT	2	10	38332	38341	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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235	NC_019436	TAT	2	6	38405	38410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_019436	TA	3	6	38509	38514	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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244	NC_019436	A	6	6	38520	38525	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
245	NC_019436	TA	3	6	38531	38536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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247	NC_019436	A	6	6	38542	38547	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_019436	CAA	2	6	38560	38565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.